Le laboratoire de séquençage à haut débit vétérinaire (LSHDV) vous offre un service très flexible et varié qui sera combler vos objectifs.

Du séquençage de génome complet de bactéries et virus, au projet de recherche complexe, incluant les analyses bio-informatiques si nécessaire, notre service clé en main sera satisfaire vos besoins.

Le LSHDV possède deux séquenceurs à haut débit avec des technologies de pointes, soit le MiSeq de Illumina et le S5 Prime de Ion Torrent. De plus, nous venons d’acquérir un MinION de Nanopore, pour le quel nous vous offrirons un service sous peu.

Pour toute question, ou pour discuter de l’orientation d’un projet et des options disponibles, contactez Dre Chantale Provost. Courriel : chantale.provost@umontreal.ca

Une assistance tel un service clé en main peut être fourni sur demande.

 


Services offerts


Service de Séquençage


Le LSHDV offre de nombreuses analyses tel que :

  • MiSeq (Illumina)
  • S5 Prime (Ion Torrent)
  • Bioanalyzer
    • Appareil permettant de vérifier la qualité et la quantité des librairies, le l’ADN et de l’ARN
  • QIAxcel
    • Appareil permettant de vérifier la qualité et la quantité des librairies, ainsi que l’analyse sur gel d’ADN et d’ARN
  • Microbiome 16S
    • Kit principalement utilisé : QIAseq 16S/ITS Screening Panel, qui permet de séparer 6 amplicons en 3 pools qui, ensemble, peuvent couvrir l’ensemble du gène ribosomal 16S. De plus, le panneau de criblage QIAseq 16S / ITS contient des amorces pour ITS afin d’amplifier l’ADN fongique
  • MicroRNA
    • Séquençage des petits fragments d’ARN cellulaire qui empêchent la production d’une protéine particulière en se liant à l’ARN messager qui aurait produit la protéine et en le détruisant
  • AmpliSeq
    • Séquençage d’une pré-amplification d’un certain nombre de gènes ciblés ou région génique prédéfinis
  • RNASeq
    • Séquençage aléatoire du transcriptome
  • Métagénomique (virome)
    • Séquençage du contenu génétique total d’un échantillon, puis comparaison des séquences obtenues avec des bases de données de microorganismes
  • De novo
    • Assemblage des séquences génomique sans référence
  • Re-séquençage
    • Assemblage des séquences génomique avec une référence.

Analyses bio-informatique


Le LSHDV peut fournir un service complet d’analyse bio-informatique. Ce service utilise principalement deux programmes d’analyse, soit le CLC Genomic Workbench et le Geneious Prime.

Plusieurs options d’analyses sont disponibles telle que:

  • Assemblage de génome
    • De novo
      • Assemblage des séquences génétiques sans référence
    • Re-sequençage
      • Assemblage des séquences génétiques avec référence
    • Ajout d’annotations
      • Identification des emplacements des gènes et de toutes les régions codantes d’un génome
    • Plasmides
  • MLST
    • Typage de séquence multi-focus (MLST) : typage de plusieurs loci permettant la caractérisation d’isolats d’espèces microbiennes en utilisant les séquences d’ADN de fragments internes de plusieurs gènes de ménage
  • PFGE
    • Électrophorèse sur gel à champ pulsé : Type d’empreinte d’ADN pour un isolat bactérien
  • Gènes de résistance aux antimicrobiens
    • Portion d’ADN codant permettant la survie d’un organisme face à une exposition aux antibiotiques
  • Gènes codant pour les facteurs de virulence
    • Portion d’ADN codant d’un agent infectieux qui contribue à son caractère pathogène pour l’hôte infecté
  • Arbres phylogénétiques
    • Arbre schématique qui montre les relations de parenté entre les organismes comparés
  • Alignements génétiques
    • Comparaison des séquences génétiques de plusieurs souches virales ou de différents organismes
  • Analyses métagénomiques
    • 4 bases de données différentes :
      • Kraken Metagenomics par BaseSpace Labs
      • Microbial Genome Database par CLC Genomic Workbench
      • NCBI reference par Taxonomic Profiling Index – CLC Genomic Workbench
      • Nucleotide (GenBank) par NCBI

 


Publications


 

Le Net R, Provost C, Lalonde C, Régimbald L, Vézina F, Gagnon CA, Lair S. Whole Genome Sequincing of an Avipoxvirus Associated with Infections in a Group of Aviary-Housed Snow Buntings (Plectrophenax Nivalis). J Zoo Wildl Med. 2020 Jan 9;50(4):803-812. doi: 10.1638/2018-0102. PMID: 31926510

 

Chénier S, Desroches M, Provost C, Bournival V, St-Sauveur VG, Koszegi M, Gagnon CA. First reported outbreak of Duck atadenovirus A tracheobronchitis in 3-week-old ducklings in Québec including whole genome sequence of the virus. Can Vet J. 2019 Dec;60(12):1285-1288. PMID: 31814632.

 


Publications de nos clients


 

Hassan MSH, Ojkic D, Coffin CS, Cork SC, van der Meer F, Abdul-Careem MF. Delmarva (DMV/1639) Infectious Bronchitis Virus (IBV) Variants Isolated in Eastern Canada Show Evidence of Recombination. Viruses. 2019 Nov 13;11(11). PMID: 31766215

Séquençage de génome complet par haut débit offert au prix promotionnel de 230$ pour un temps limité.

Contactez-nous pour plus de détails.

Type d’échantillon :

Le LSHDV a développé une expertise dans le séquençage d’échantillons très variés, tels que :

  • Virus isolés/purifiés
  • Souches bactériennes isolées
  • ARN
  • ADN
  • cDNA
  • Identification, séquençage du génome entier à partir d’échantillons cliniques (fèces, tissus, sérum, etc.)
  • Échantillons AmpliSeq
  • Échantillons fixés ou paraffinés
  • Autres

Il est important de noter que la charge microbienne et le type d’échantillon vont grandement affecter la qualité du séquençage. Pour plus d’informations, veillez, svp, contacter notre laboratoire.


Réalisations


Séquençage de génomes viraux complets


  • Virus Influenza porcin
  • Virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP; artérivirus)
  • Poxvirus aviaire
  • Réovirus aviaire
  • Virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV; coronavirus)
  • Virus de la laryngotrachéite infectieuse aviaire (ILTV; herpèsvirus)
  • Virus de la diarrhée épidémique porcine (VDEP; coronavirus)
  • Bactériophages
  • Adénovirus aviaire
  • Virus de l’entérite hémorragique de dinde (HEV; adénovirus)
  • Rotavirus porcin
  • Souches virales d’origine vaccinale
  • Virus de la diarrhée virale bovine (VBVD; pestivirus)
  • Sapelovirus
  • Astrovirus
  • Virus hémagglutinant de l’encéphalomyélite porcine (PHEV; coronavirus)

 


Séquençage de génomes bactériens complets


  • Streptococcus suis
  • Streptococcus equis
  • Salmonella enterica
  • Actinobacillus suis
  • Brachyspira hyodysenteriae
  • Bordetella bronchiseptica
  • Escherichia coli
  • Photobacterium
  • Staphylococcus hyicus
  • Staphylococcus aureus
  • Mycoplasma gallisepticum
  • Mycoplasma hemotropic

 


Autres


  • RNASeq de cellules porcines coinfectées avec le VSRRP et le virus influenza porcin
  • Métagénomique de nombreux échantillons