Le service de séquençage génomique vous offre un service très flexible et varié qui saura combler vos objectifs.

Du séquençage de génome complet de bactéries et virus, au projet de recherche complexe, incluant les analyses bio-informatiques si nécessaires, notre service clé en main saura satisfaire vos besoins.

Répartis dans 3 laboratoires selon l’expertise souhaitée, ce service compte quatre séquenceurs à haut débit avec des technologies de pointe, soit le MiSeq et le iSeq100 de Illumina, le S5 Prime de Ion Torrent et le MinION de Nanopore.

Selon la nature de votre projet, nous vous invitons à contacter les responsables appropriés suivants qui sauront discuter avec vous de l’orientation de votre projet et des options disponibles :

                       

Pathogènes ciblés Contact Courriel
E.coli et entérobactéries Ghyslaine Vanier ghyslaine.vanier@umontreal.ca
A. pleuropneumoniae, Glaesserella  (Haemophilus) parasuis, S.suis et autres pathogènes bactériens du porc Sonia Lacouture sonia.lacouture@umontreal.ca
Autres séquençages bactériens ou viraux (sur demande) et métagénomique (ex : microbienne, microbiome, RNAseq, Ampliseq…) Chantale Provost chantale.provost@umontreal.ca

 

 


Services offerts


Service de séquençage


Le service offert implique plusieurs appareils et/ou analyses tels que :

    • MiSeq (Illumina)
    • iSeq100 (Illumina)
    • S5 Prime (Ion Torrent)
    • MinION (Nanopore)
    • Bioanalyzer
      • Appareil permettant de vérifier la qualité et la quantité des librairies, de l’ADN et de l’ARN
    • QIAxcel
      • Appareil permettant de vérifier la qualité et la quantité des librairies, ainsi que l’analyse sur gel d’ADN et d’ARN
    • Microbiome 16S
      • Kit principalement utilisé : QIAseq 16S/ITS Screening Panel, qui permet de séparer 6 amplicons en 3 pools qui, ensemble, peuvent couvrir l’ensemble du gène ribosomal 16S. De plus, le panneau de criblage QIAseq 16S / ITS contient des amorces pour ITS afin d’amplifier l’ADN fongique
    • MicroRNA
      • Séquençage de petits fragments d’ARN cellulaires qui empêchent la production d’une protéine particulière en se liant à l’ARN messager et en le détruisant
    • AmpliSeq
      • Séquençage d’une préamplification d’un certain nombre de gènes ciblés ou région génique prédéfinie
    • RNASeq
      • Séquençage aléatoire du transcriptome
    • Métagénomique (virome)
      • Séquençage du contenu génétique total d’un échantillon, puis comparaison des séquences obtenues avec des bases de données de microorganismes
    • De novo
      • Assemblage des séquences génomiques sans référence
    • Reséquençage
      • Assemblage des séquences génomiques avec une référence.

Analyses bio-informatiques


Nous pouvons vous fournir un service complet d’analyses bio-informatiques. Ce service utilise principalement deux programmes d’analyse, soit le CLC Genomic Workbench et le Geneious Prime.Plusieurs options d’analyses sont disponibles telles que:

    • Assemblage de génome
      • De novo
          • Assemblage des séquences génétiques sans référence
      • Reséquençage
          • Assemblage des séquences génétiques avec référence
      • Ajout d’annotations
          • Identification de l’emplacement des gènes et de toutes les régions codantes d’un génome
      • Plasmides
    • MLST / cgMLST
      • Typage de séquences multi-focus (MLST) : typage de plusieurs loci permettant la caractérisation d’isolats d’espèces microbiennes en utilisant les séquences d’ADN de fragments internes de plusieurs gènes de ménage
      • Détermination du sérotype O :H, et la détermination du groupe phylogénétique des E.coli
    • PFGE
      • Électrophorèse sur gel à champ pulsé : Type d’empreinte d’ADN pour un isolat bactérien
    • Gènes de résistance aux antimicrobiens
      • Portion d’ADN codante permettant la survie d’un organisme face à une exposition aux antibiotiques
      • Mutations ponctuelles connues pour engendrer des résistances aux antimicrobiens
    • Gènes codants pour les facteurs de virulence
      • Portion d’ADN codante d’un agent infectieux qui contribue à son caractère pathogène pour l’hôte infecté
    • Arbres phylogénétiques
      • Arbre schématique qui montre les relations de parenté entre les organismes comparés
    • Alignements génétiques
      • Comparaison de séquences génétiques de plusieurs souches virales ou de différents organismes
    • Analyses métagénomiques
      • 4 bases de données différentes :
          • Kraken Metagenomics par BaseSpace Labs
          • Microbial Genome Database par CLC Genomic Workbench
          • NCBI reference par Taxonomic Profiling Index – CLC Genomic Workbench
          • Nucleotide (GenBank) par NCBI

Publications


 

Ana Perez Contreras, Frank van der Meer, Sylvia Checkley, Tomy Joseph, Robin King, Madhu Ravi, Delores Peters, Kevin Fonseca, Carl A. Gagnon, Chantale Provost, Davor Ojkic and Mohamed Faizal Abdul-Careem. Analysis of Whole-Genome Sequences of Infectious laryngotracheitis Virus Isolates from Poultry Flocks in Canada: Evidence of Recombination. Viruses 2020, 12, 1302; doi:10.3390/v12111302.

 

Palomino-Tapia V, Mitevski D, Inglis T, van der Meer F, Martin E, Brash M, Provost C, Gagnon CA, Abdul-Careem MF.Chicken Astrovirus (CAstV) Molecular Studies Reveal Evidence of Multiple Past Recombination Events in Sequences Originated from Clinical Samples of White Chick Syndrome (WCS) in Western Canada. Viruses. 2020 Sep 28;12(10):E1096. doi: 10.3390/v12101096.PMID: 32998356.

 

Gagnon CA, Lalonde C, Provost C. Porcine reproductive and respiratory syndrome virus whole-genome sequencing efficacy with field clinical samples using a poly(A)-tail viral genome purification method. J Vet Diagn Invest. 2020 Aug 28:1040638720952411. doi: 10.1177/1040638720952411. Online ahead of print. PMID: 32856560.

 

Lalonde C, Provost C, Gagnon CA. Whole genome sequencing of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) from field clinical samples improves the genomic surveillance of the virus. J Clin Microbiol. 2020 Aug 12:JCM.00097-20. doi: 10.1128/JCM.00097-20. Online ahead of print. PMID: 32817228.

 

Le Net R, Provost C, Lalonde C, Régimbald L, Vézina F, Gagnon CA, Lair S. Whole Genome Sequincing of an Avipoxvirus Associated with Infections in a Group of Aviary-Housed Snow Buntings (Plectrophenax Nivalis). J Zoo Wildl Med. 2020 Jan 9;50(4):803-812. doi: 10.1638/2018-0102. PMID: 31926510.

 

Chénier S, Desroches M, Provost C, Bournival V, St-Sauveur VG, Koszegi M, Gagnon CA. First reported outbreak of Duck atadenovirus A tracheobronchitis in 3-week-old ducklings in Québec including whole genome sequence of the virus. Can Vet J. 2019 Dec;60(12):1285-1288. PMID: 31814632.

 

Vounba, P., K. Yaghouba, C. Ndiaye, J. Arsenault, J.M. Fairbrother, and R. Bada Alambédji. Molecular characterization of Escherichia coli isolated from chickens with colibacillosis in Senegal. Foodborne Pathogens and Disease. 2018. 15 : 517-525. DOI: 10.1089/fpd.2017.2394 PMID : 29851365.

 


Publications de nos clients


 

Hassan MSH, Ojkic D, Coffin CS, Cork SC, van der Meer F, Abdul-Careem MF. Delmarva (DMV/1639) Infectious Bronchitis Virus (IBV) Variants Isolated in Eastern Canada Show Evidence of Recombination. Viruses. 2019 Nov 13;11(11). PMID: 31766215.

Séquençage de génome complet par haut débit offert au prix promotionnel de 240$ ou 250$* pour un temps limité.

*Contactez-nous pour plus de détails et sur le prix qui correspondra à votre demande.

Type d’échantillon :

Nous avons développé une expertise dans le séquençage d’échantillons très variés, tels que :

  • Virus isolés/purifiés
  • Souches bactériennes isolées
  • ARN
  • ADN
  • cDNA
  • Identification, séquençage du génome entier à partir d’échantillons cliniques (fèces, tissus, sérum, etc.)
  • Échantillons AmpliSeq
  • Échantillons fixés ou paraffinés
  • Autres

Il est important de noter que la charge microbienne et le type d’échantillon vont grandement affecter la qualité du séquençage. Pour plus d’informations, veillez, svp, contacter notre laboratoire.


Réalisations


Séquençage de génomes viraux complets


  • Virus Influenza porcin
  • Virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP; artérivirus)
  • Poxvirus aviaire
  • Réovirus aviaire
  • Virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV; coronavirus)
  • Virus de la laryngotrachéite infectieuse aviaire (ILTV; herpèsvirus)
  • Virus de la diarrhée épidémique porcine (VDEP; coronavirus)
  • Bactériophages
  • Adénovirus aviaire
  • Virus de l’entérite hémorragique de dinde (HEV; adénovirus)
  • Rotavirus porcin
  • Souches virales d’origine vaccinale
  • Virus de la diarrhée virale bovine (VBVD; pestivirus)
  • Sapelovirus
  • Astrovirus
  • Virus hémagglutinant de l’encéphalomyélite porcine (PHEV; coronavirus)

 


Séquençage de génomes bactériens complets


 

  • Actinobacillus pleuropneumoniae
  • Actinobacillus suis
  • Bordetella bronchiseptica
  • Brachyspira hyodysenteriae
  • Escherichia coli
  • Glaesserella (Haemophilus) parasuis 
  • Mycoplasma gallisepticum
  • Mycoplasma hemotropic
  • Photobacterium
  • Salmonella enterica
  • Staphylococcus aureus
  • Staphylococcus hyicus
  • Streptococcus equis
  • Streptococcus suis

Autres


 

  • RNASeq de cellules porcines coinfectées avec le VSRRP et le virus influenza porcin
  • Métagénomique de nombreux échantillons